根据《国家中长期科学和技术发展规划》和《国家科技基础条件平台建设纲要（2004-2010）》， 2003年7月，被誉为科技界“三峡工程”的国家科技基础条件平台建设全面启动。国家科技基础条件平台建设的目的是充分运用信息、网络等现代技术，对科技基础条件资源进行战略重组和系统优化，以促进全社会科技资源高效配置和综合利用，提高科技创新能力。

微生物资源作为自然科技资源的重要组成部分，也从当年开始进入自然科技资源平台建设。2003年度建设项目分别是中国农业科学院农业资源与农业区划所主持的“微生物菌种资源描述规范研究制定及共享试点”（2003DEA3N028）和中国科学院微生物研究所主持的“创建微生物菌种资源共享体系”；2004年度为9个建设项目，分别由中国农业科学院农业资源与农业区划研究所、中国食品药品检定研究院有限公司、中国医学科学院医药生物技术研究所、中国食品发酵工业研究院、中国兽医药品监察所、中国科学院微生物研究所、中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所、武汉大学、自然资源部第三海洋研究所等9个单位承担；2005-2007平台建设项目为“微生物菌种资源”（2005DKA20200）。

平台建设工作分别以中国农业、医学、药用、工业、兽医、普通、林业、典型培养物、海洋9个国家专业微生物菌种管理保藏中心为核心单位，覆盖全国24个省市，在不同领域内组织资源优势单位103家进行资源的标准开展微生物资源的整理整合，累计完成标准化整理16.2万株，多媒体信息4.5万幅，截止到2008年底，完成整合入库的菌种资源约占国内微生物资源量的近40-45%。平台制定了微生物菌种资源的共性描述规范，制定了60个菌种资源描述规范和38套操作技术规程，在全国范围内统一描述微生物资源，纠正了过去描述混乱的局面；将共享资源标注安全等级，规范了相关人员在制备操作和运输菌种过程中的行为，以达到促进我国兽医事业发展的社会效益、经济效益的目的。

平台于2011年11月由科技部、财政部认定通过，其依托部门为农业部，依托单位为中国农业科学院农业资源与农业区划研究所，是首批认定的23个国家科技基础条件平台之一。国家微生物资源平台是保证国家微生物资源库藏安全的重要载体，工作宗旨是根据社会科技或行业发展的要求，收集、保藏各类微生物资源，持续扩充平台共享实物资源量，对资源信息进行规范性整理、整合，通过数据化和网络化手段进行及时有效的共享，促进带动资源的共享利用，积极贯彻科技部、财政部“整合、共享、完善、提高”的方针，突出“以用为主、开放共享”，切实提高服务质量和数量，不断提升开放能力和创新支撑能力，积极服务于社会发展和科技进步。

2019年6月，科技部、财政部正式发布科技资源共享服务平台优化调整名单（国科发基[2019]194号），国家微生物资源平台优化调整为国家菌种资源库（National Microbial Resource Center，NMRC）。